מועדון הכדורסל של ז'לגיריס קובנה נוסד בשנת 1944. זהו המועדון המצליח ביותר בליטא עם בסך הכל 17 אליפויות החל מהרגע שליטא נהפכה למדינה עצמאית בשנת 1991. זה לא הפריע לז'גיריס לזכות בחמש אליפויות גם בליגה הסובייטית, לפני התפרקותה של ברית המועצות.

הרבה מאוד שחקנים גדולים גדלו במועדון ושהצליח אף להביא זרים מרשימים שלבשו את החולצה הירוקה המפורסמת. אפשר להזכיר מעל כולם את ארווידאס סאבוניס הגדול שהוא למעשה הבעלים של המועדון, או את רימאס קורטינאיטיס- שניים משחקנים הגדולים של ז'גיריס.

בקרב חובבי הכדורסל הישראלים בכלל ואוהדי מכבי בפרט, זכורה ז'לגיריס לטובה בזכות "נס ז'לגיריס" הידוע מעונת 2004/2003 שנכתב וסופר עליו רבות. למרות השליטה הכמעט בלעדית של ז'לגיריס בכדורסל הליטאי, לא הצליחה הקבוצה לבסס את מעמדה בזירה האירופית כקבוצה ששייכת לדרג הראשון של היורוליג.

כל זה השתנה בעונת 1998/1999, אז ז'לגיריס קובנה עשתה את הבלתי יאמן והיממה את הכדורסל באירופה עם זכייה ראשונה ואחרונה עד כה של המועדון באליפות אירופה תוך כדי הצגת כדורסל מלהיב, מהיר ושובה עין. סגל הקבוצה באותה עונה כלל את הרכז האמריקאי - תיוס אדני, הסווינג מן אנטוני בואי, ירי ז'ידק, תומאס מאסוליס, סאליוס סטומברגאס, מינדוגאס ז'וקאוסקאס ועוד.

אף אחד לא חשב שז'לגיריס יכולה ללכת עד הסוף, בטח לא כשהבולוניות בשיאן וכשיש עוד כמה קבוצות, בעיקר מספרד ויוון שנחשבו לפייבוריטיות. באותה עונה הליגה האירופית הכילה 24 קבוצות שחולקו לארבעה בתים של 6 קבוצות כל אחד. ארבע הראשונות מכל בית העפילו לשמינית הגמר שנערך בשיטת סדרה של הטוב מ-3. מנצחות שמינית הגמר העפילו לרבע הגמר שנערך באותה השיטה וכך הלאה עד הפיינל פור.

ז'לגיריס הוגרלה לבית בצוותא עם סראטוב, טאו ויטוריה, פנרבחצ'ה, וארזה ופו אורטז. את השלב הזה סיימה ז'לגיריס במקום הראשון במאזן 2-8, לפני פנרבחצ'ה שסיימה במאזן 4-6. למרות השלב הראשון המוצלח עדיין לא ראו את ז'לגיריס כקבוצה שתלך עד הסוף. פאנאתנייקוס סיימה את הבית שלה ללא הפסד, אולימפיאקוס גם היא הייתה בתמונה וכמובן גם קינדר בולוניה.

בשמינית הגמר נפגשו ז'לגיריס ואולקר, כאשר לליטאים היה כמובן את יתרון הביתיות. זה הסתיים בשני משחקים, את הראשון ניצחה ז'לגיריס 76-62 ואת השני 93-82, תוך כדי כך שהיא ממשיכה להציג כדורסל מהיר ושוטף. ברבע הגמר זה כבר היה סיפור קשה יותר, אפס פילזן שהדיחה את צ.ס.ק.א מוסקבה בשמינית, הגיעה לליטא. המשחק הראשון היה סופר דרמטי והסתיים בניצחון דחוק 69-68 של ז'לגיריס. המשחק השני היה פחות צמוד והסתיים בתוצאה 84-70 לאלופת ליטא.

לפיינל פור שנערך באותה עונה במינכן, העפילו אולימפיאקוס, שתי הבולונזיות-טימסיסטם וקינדר וז'לגיריס. מבין כל הקבוצות ז'לגיריס נחשבה כהפתעה הגדולה ועם כל הכבוד לעונה המוצלחת עד כה, את אולימפיאקוס הם לא יעברו. בחצי הגמר השני נפגשו הבולונזיות לדרבי לוהט שממנו יצאה מנצחת האלופה המכהנת-קינדר בולוניה אחרי ניצחון 62-57.

בחצי הגמר השני ז'לגיריס רקדה על הפרקט והביסה את אולימפיאקוס 71-87 בזכות 19 נקודות של בואי. הגמר נערך ב-22.4.1999, בצד אחד הפיבוריטית-קינדר בולוניה, בצד שני המפתיעה של העונה - ז'לגיריס קובנה . למרות ערב מצויין של אנטואן ריגודו שקלע 27 נקודות, בולוניה לא עמדה בקצב של אדני וחבריו לתמהיל המצויין שהיה בז'לגיריס, המשחק היה צמוד ומעניין, ז'לגיריס לא נשברה והכי חשוב גם במשחק הגמר כמו לאורך כל העונה לא סטתה מדרכה, המשיכה לשחק את אותו כדורסל מענג ולבסוף היממה את כולם עם ניצחון 82-74 על קינדר המאוכזבת. חישה שחקנים [בואי,אדני, שטומברגאס,זוקאוסקס וז'ידק ] קלעו בספרות כפולות לז'לגיריס מה ששוב הראה את האיזון הנפלא שהיה בקבוצה הזו.

זוהי הייתה אלופת אירופה ראוייה, מפתיעה, מלהיבה ומרתקת, הרכב מצויין של מקומיים לצד זרים נהדרים שידעו מה מקומו של כל אחד בקבוצה. מאז ז'לגיריס שקעה מעט ולא הצליחה לשחזר את ההצלחה בזירה המרכזית של אירופה.

ז'לגיריס קובנה כל התארים:

17 אליפויות ליטא                                                                               

5 אליפויות ברית המועצות

1 גביע ביניבשתי

5 אליפויות הליגה הבלטית

1 אליפות הליגה הצפון-אירופית

1 גביע ספורטה

1 אליפות יורוליג